個別に直接職人さんに頼んだほうが安くなりますか？

はい。安くなります。

会社を運営していますので、職人さんに働いてもらうお金に加えて会社としての利益をいただいておりますので、職人さんに直接頼んでもらった方が安くなります。

では、なぜ中澤工務店のような会社があるかというと、
「どのような職人さんに頼むか？」の判断だけでもプロの領域になるからです。
例えば、家の中に水が垂れているという現象一つとっても、原因は様々です。
これは水道屋さんの領域なのか、瓦屋さんの領域なのか、板金屋さんか、防水屋さんか、塗装屋さんか、断熱屋さんか？と推測するだけでも一つの技術だと思っています。
あなたが直接水道屋さんを呼んでダメだった、瓦屋さんを呼んでだめだった。。。。。と繰り返して、費用と時間を使っているうちに一発で適切な職人さんを呼べればその方が安いと思います。

例えば、明らかに蛇口から水が漏れていて信頼できる水道屋さんを知っている場合は、そちらに直接頼んだ方が安いと思います。